En 1881 se graduó como médico.Freud trabajó bajo la dirección de Theodor Meynert en el Hospital General de Viena entre los años 1883 y 1885. Como investigador médico, Freud fue un pionero al proponer el uso terapéutico de la cocaína como estimulante y analgésico. Entre 1884 y 1887 escribió muchos artículos sobre las propiedades de dicha droga. En base a las experimentaciones que él mismo realizaba en el laboratorio de neuroanatomía del notable patólogo austríaco y especialista en histología Salomon Stricker, logró demostrar las propiedades de la cocaína como anestésico local.
En 1884 Freud publicó su trabajo Über Coca («Sobre la coca»), al que sucedieron varios artículos más sobre el tema. Aplicando los resultados de Freud, pero sin citarlo, Carl Koller utilizó con gran éxito la cocaína en cirugía e intervenciones oftalmológicas publicando al respecto y obteniendo por ello un gran reconocimiento científico.Se ha podido determinar - tras la publicación de las cartas a su entonces prometida y luego esposa, Martha Bernays - que Freud hizo un intento frustrado de curar con cocaína a su amigo Ernst von Fleischl-Marxow, quien era adicto a la morfina, pero el tratamiento sólo agregó una nueva adicción y finalmente falleció. Se le critica a Freud no haber admitido públicamente este fracaso, así como el hecho de que su biógrafo y amigo Ernest Jones tampoco lo haya reportado.
En 1886, Freud se casó con Martha Bernays y abrió una clínica privada especializada en desórdenes nerviosos. Comenzó su práctica para tratar la histeria y la neurosis utilizando la hipnosis y el método catártico que su colaborador Josef Breuer había aplicado con Bertha Pappenheim obteniendo resultados que en aquel momento parecían sorprendentes,para posteriormente abandonar ambas técnicas en favor de la asociación libre, desarrollada por él entre los años 1895 y 1900 impulsado por las experiencias con sus pacientes histéricas. Freud notó que podía aliviar sus síntomas animándolas a que verbalizaran sin censura cualquier ocurrencia que pasara por su mente.
En 1899 se publicó la que es considerada su obra más importante e influyente, La Interpretación de los Sueños, inaugurando una nueva disciplina y modo de entender al hombre, el psicoanálisis. Tras algunos años de aislamiento personal y profesional debido a la incomprensión e indignación que en general sus teorías e ideas provocaron, comenzó a formarse un grupo de adeptos en torno a él, el germen del futuro movimiento psicoanalítico. Sus ideas empezaron a interesar cada vez más al gran público y se fueron divulgando pese a la gran resistencia que suscitaban.
El primer reconocimiento oficial como creador del psicoanálisis fue en 1902 al recibir el nombramiento imperial como Profesor extraordinario, hecho que Freud comentaría en una carta a Wilhelm Fliess fechada en Viena el 11 de marzo de 1902, señalando sarcásticamente que esto era "...como si de pronto el papel de la sexualidad fuera reconocido oficialmente por su Majestad..."
Internacionalmente, sin embargo, el primer reconocimiento oficial de su trabajo ocurrió en 1909, cuando la Universidad de Clark, en Worcester, Massachusetts, le concedió el título honorífico doctor honoris causa.
Freud experimentó la primera disensión interna a su doctrina en octubre de 1911 cuando Alfred Adler y seis de sus partidarios se dieron de baja de la Asociación Psicoanalítica Vienesa.Por esta época ya estaba en gestación la que en 1914, y con más graves consecuencias, protagonizaría Carl Gustav Jung, que amenazaría con desestabilizar todo el edificio psicoanalítico.
En 1923 le fue diagnosticado un cáncer de paladar, probablemente a consecuencia de su intensa adicción a los puros, por el cual fue operado hasta 33 veces. Su enfermedad, aparte de provocarle un gran sufrimiento, una gran incapacidad y una eventual sordera del oído derecho, lo obligó a usar una serie de incómodas prótesis de paladar que le dificultaron grandemente la capacidad del habla.Nunca dejó de fumar, no obstante las consecuencias que esto le acarreó. A pesar de su enfermedad, Freud continuó trabajando como psicoanalista y, hasta el fin de su vida, no cesó de escribir y publicar un gran número de artículos, ensayos y libros.
En 1939, muy deteriorado físicamente e incapaz de soportar el dolor que le producía la propagación del cáncer de paladar, pidió a su médico personal, Max Shur, que acabara con su sufrimiento. Freud murió después de serle suministradas tres inyecciones de morfina
A pesar de los implacables y a menudo apremiantes desafíos a los que virtualmente todas sus ideas tuvieron que enfrentarse, tanto en vida como una vez desaparecido, Freud se convirtió y sigue siendo una de las figuras más influyentes del pensamiento contemporáneo.
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